FJ Cruiser cuenta con diversos sistemas de seguridad activa y pasiva.
Frenos de disco ventilados en las cuatro ruedas, sistemas ABS + EBD + BA, control de estabilidad (VSC), control de tracción (TRC), control de tracción activa (A-TRAC), bloqueo de diferencial trasero. Los 5 cinturones de seguridad cuentan con sistema ELR y los cinturones delanteros con pretensores y limitadores de fuerza.
Los asientos delanteros además vienen equipados con tecnología WIL, la cual reduce lesiones por latigazo cervical producto de un impacto trasero.